नीति अनुसन्धान प्रतिष्ठानको अनुसन्धान सम्बन्धी कार्यादेश व्यापक भएकाले अनुसन्धान विषय तथा क्षेत्रहरूलाई निम्नानुसारका विधागत केन्द्रहरू र एकाइहरूमा संगठित गरिएको छ:
केन्द्र १: आर्थिक तथा पूर्वाधार विकास नीति अध्ययन केन्द्र
एकाइहरू :
१.१ आर्थिक विकास एकाइ
१.२ वाणिज्य, वित्तीय तथा मौद्रिक नीति एकाइ
१.३ पूर्वाधार विकास एकाइ
केन्द्र २: शासकीय प्रबन्ध तथा सङ्घीय मामिला नीति अध्ययन केन्द्र
एकाइहरू :
२.१ शासकीय प्रबन्ध एकाइ
२.२ सङ्घीय मामिला एकाइ
२.३ सार्वजनिक सेवाप्रवाह एकाइ
२.४ सार्वजनिक संस्था एकाइ
केन्द्र ३: कानुनी तथा सामाजिक मामिला नीति अध्ययन केन्द्र
एकाइहरू :
३.१ कानुनी मामिला एकाइ
३.२ शिक्षा नीति एकाइ
३.३ स्वास्थ्य नीति एकाइ
३.४ समाज कल्याण तथा सामाजिक सुरक्षा एकाइ
केन्द्र ४: परराष्ट्र तथा रणनीतिक मामिला नीति अध्ययन केन्द्र
एकाइहरू :
४.१ राष्ट्रिय हित एकाइ
४.२ परराष्ट्र नीति एकाइ
४.३ रणनीतिक मामिला एकाइ
४.४ सुरक्षा एकाइ
केन्द्र ५: विज्ञान, प्रविधि र प्राकृतिक स्रोत नीतिअध्ययन केन्द्र
एकाइहरू :
५.१ कृषि तथा प्राकृतिक स्रोत एकाइ
५.२ पर्यावरण, वातावरण र जलवायु परिवर्तन एकाइ
५.३ विज्ञान, प्रविधि र नवप्रवर्तन एकाइ