नीति अनुसन्धान प्रतिष्ठानको अनुसन्धान सम्बन्धी कार्यादेश व्यापक भएकाले अनुसन्धान विषय तथा क्षेत्रहरूलाई निम्नानुसारका विधागत केन्द्रहरू र इकाईहरूमा संगठित गरिएको छ:
केन्द्र १: आर्थिक तथा पूर्वाधार विकास नीति अध्ययन केन्द्र
इकाईहरू :
१.१ आर्थिक विकास इकाई
१.२ वाणिज्य, वित्तीय तथा मौद्रिक नीति इकाई
१.३ पूर्वाधार विकास इकाई
केन्द्र २: शासकीय प्रबन्ध तथा सङ्घीय मामिला नीति अध्ययन केन्द्र
इकाईहरू :
२.१ शासकीय प्रबन्ध इकाई
२.२ सङ्घीय मामिला इकाई
२.३ सार्वजनिक सेवाप्रवाह इकाई
२.४ सार्वजनिक संस्था इकाई
केन्द्र ३: कानुनी तथा सामाजिक मामिला नीति अध्ययन केन्द्र
इकाईहरू :
३.१ कानुनी मामिला इकाई
३.२ शिक्षा नीति इकाई
३.३ स्वास्थ्य नीति इकाई
३.४ समाज कल्याण तथा सामाजिक सुरक्षा इकाई
केन्द्र ४: परराष्ट्र तथा रणनीतिक मामिला नीति अध्ययन केन्द्र
इकाईहरू :
४.१ राष्ट्रिय हित इकाई
४.२ परराष्ट्र नीति इकाई
४.३ रणनीतिक मामिला इकाई
४.४ सुरक्षा इकाई
केन्द्र ५: विज्ञान, प्रविधि र प्राकृतिक स्रोत नीति अध्ययन केन्द्र
इकाईहरू :
५.१ कृषि तथा प्राकृतिक स्रोत इकाई
५.२ पर्यावरण, वातावरण र जलवायु परिवर्तन इकाई
५.३ विज्ञान, प्रविधि र नवप्रवर्तन इकाई